על רקע תופעות נרחבות של הפרות דיני מקרקעין, שתוצאתן פגיעה חמורה בשלטון החוק, באיכות הסביבה, בעתודות הקרקע הציבורית ובקופת המדינה, התקבלה בשנת 2004 ההחלטה להקים מנהלת בין-משרדית אשר תפקידה לתאם פעולות אכיפת דיני מקרקעין.
היחידה מתמקדת בתאום, בהנחיה ובשילוב בין היחידות הממשלתיות הפועלות לאכיפת החוק כנגד עבירות בניה, פלישות למקרקעי ציבור ושימוש במקרקעי ציבור ללא היתר כדין, כולל ביצוע האכיפה בפועל.
לאור הניסיון המבצעי וההצלחות שהיחידה צברה, הפכה להיות אחת משתי היחידות הארציות במשטרת ישראל אשר כפופה ישירות לאגף המבצעים במטה הארצי. היחידה מהווה כח עתודה ראשוני לסיוע באירועים חריגים בתחומי פח"ע (פעילות חבלנית עוינת), החירום ולחימה בפשיעה חמורה ואף מתמחה בטיפול בהפרות סדר אל מול כלל המגזרים. בנוסף, היחידה מהווה כח סיוע ייעודי שמשתף פעולה עם היחידה הממלכתית לאבטחת אישים (יחידה 730) וגם מובילה את מודל התקיפה הכלכלית אל מול ארגוני הפשיעה בשיתוף פעולה עם משרדי ממשלה וגופים רלוונטיים.
בהחלטה נקבע כי תוקם יחידה משטרתית ייעודית אשר תפקידה לסייע באכיפת דיני מקרקעין. בהתאם לכך, שוטרי היחידה מלווים את פקחי היחידות השותפות במנהלת בעת ביצוע פעולות אכיפה, פעולות לאיתור עבירות, ביצוע צווים מנהליים וצווים שיפוטיים, הדבקת צווים, סיורים לרבות תיאום מבצעי שוטף עם הגורמים הרלוונטיים במשטרת ישראל.
פעולות אכיפה בתחום המקרקעין וסיוע לגופי האכיפה מבוצעים בשגרה על פי תכנית שנתית ותיאום על פי תכנית שבועית. בחירום, פעולות האכיפה מבוצעות על פי החלטת ראש אגף המבצעים בהתאם להערכת מצב. בנוסף, מתן סיוע בהתמודדות עם כלל משימות משטרת ישראל בהתאם לתכנית עבודה של מתפ"א ובשילוב כלל יחידות המשטרה תוך מתן עדיפות לטיפול בפשיעה.
היחידה מונה כ- 180 תקני כח אדם המחולקים לזרועות מבצעיות (הכוללות לוחמים עם הכשרת יס"מ והשלמת לוחמה ביחידה), זרוע מודיעין וחקירות, זרוע תיאום ופיקוד ומטה. יח' מתפ"א מהווה כוח ראשוני לסייע לאירועים חריגים בתחום החירום והפעילות החבלנית העוינת (פח"ע) במתווים שונים והפעלתה מתבצעת על ידי חטיבת המבצעים באגף המבצעים.
הזרועות המבצעיות מחולקות לפלגות לוחמים בפריסה ארצית מצפון עד דרום.