לישראל כ-190 ק"מ של חופים בים התיכון, ו-14 ק"מ במפרץ אילת. חופי ישראל עשירים במשאבים טבעיים, סביבתיים, תרבותיים וכלכליים והם בעלי ערך רב לתושבי המדינה.
אגף ים וחופים מטפל בכל הקשור במניעת זיהום הים והחופים (זיהום הים מוגדר כ"החדרה, על ידי אדם, במישרין או בעקיפין, של חומר או אנרגיה, לסביבה הימית הגורמת לתוצאות מזיקות"):
אכיפת החוק, טיפול במפגעים סביבתיים קיימים ומניעת היווצרותם של מפגעים חדשים, חקיקה ותקינה, עריכת סקרים ומחקרים הקשורים לסביבה הימית, קשר עם מוסדות וגופים בין לאומיים כנציגי מדינת ישראל בנושאי הסביבה הימית ואכיפת אמנות בין לאומיות בנושא זיהום הים.